El movimiento de la Ilustración se encomendó la tarea de revisar y racionalizar gran parte de los conocimientos, creencias y lugares comunes de la cultura y las ciencias en Europa. A la luz del racionalismo la realidad de América, los criollos y los indios, alcanzó una interpretación novedosa, y fue el ambiente de crítica y revisión el que propició que numerosos intelectuales mexicanos refutaran las teorías erróneas que sobre el "Nuevo Mundo" se estaban difundiendo en la Europa de la segunda mitad del s.XVIII, generando el origen del primer nacionalismo mexicano.

            Según Kant la Ilustración propiciaba el triunfo de la razón natural frente a los prejuicios de la autorida y la tradición, introduciendo otros juicios "libres y desembarazados". Precisamente siguiendo esta vía de conocimiento, los filósofos, pensadores y científicos europeos se propusieron revisar aquellas verdades sustentadas en el principio de autoridad. En este contexto, surge la llamada "disputa del Nuevo Mundo", polémica intelectual sobre la naturaleza de los indios americanos, que formaba parte a su vez de la campaña de desprestigio hacia el Imperio Español. El punto de partida era, no obstante, los escritos acerca de la realidad indígena surgidos desde los primeros años de conquista, los cuales pueden sintetizarse en dos corrientes: la humanista del padre Las Casas y Francisco de Vitoria, que otorgaban al indio alma y cuerpo como cualquier europeo; y aquella que amparándose en la "civilización y cultura superior" de los españoles, defendía el derecho a conquista y sumisión. Desde el siglo XVI, la disputa sobre la legitimidad de la conquista dio lugar a escritos y defensas, amplio debate teórico que, impulsados por los dos teólogos Francisco de vitoria y Juan Ginés de Sepúlveda, generó un ambiente crítico en toda Europa y una legislación concreta en España para los indios americanos.

            Hacia el siglo XVIII en España tanto el indio como el criollo no gozaban de buena prédica. Intelectuales como Juan de la Puente atribuía al clima y al cielo la inconstancia, lascivia y mentira propios de indios y españoles nacidos en América. Fue precisamente el ilustrado padre Benito Feijoo quien, en su Teatro Crítico Universal asumió la responsabilidad de refutar este "error popular", exponiendo casos particulares de "inteligencia criolla", figuras que destacaban por su brillantez intelectual y su erudición como Sor Juana Inés de la Cruz o el peruano Pedro Peralta y Barnuevo.

Sin embargo, la oficialidad española no se hizo cargo de esta defensa, y en su lugar dictó un nuevo texto legislativo en el que se daba a los reinos de ultramar un nuevo status colonial, que venía a afianzar la dependencia e inferioridad de los españoles americanos respecto a los peninsulares. Se trataba del Nuevo Sistema de Gobierno Económico para la América, escrito por José del Campillo y Cosío, texto que guió las reformas posteriores y que estaba basado en el concepto de recuperación de España utilizando los recursos americanos. Este nuevo instrumento de las leyes hizo reaccionar a los criollos mexicanos, quienes por primera vez expresaron su descontento y crítica al modo de gobierno. El  ayuntamiento de la ciudad de México en 1771 presentó la Representación Humilde en favor de los naturales, obra del regidor José González de Castañeda.  La Representación constituye uno de los pilares del primer nacionalismo mexicano, muestra del cambio que se estaba operando en el pensamiento social criollo.

Volviendo a la disputa sobre la naturaleza del indio, la Ilustración europea no dudó en buscar argumentos científicos que desterrasen el principio de autoridad pero que afianzaran la idea de inferioridad-superioridad de las razas. Sin embargo, estas teorías que enseguida analizaremos, tuvieron la virtud de despertar el primer indigenismo en México, una mirada introspectiva hacia la Historia Antigua, en especial hacia la historia Azteca y el origen de los símbolos mexicanos como Quetzalcoatl - Santo Tomás y la Virgen de Guadalupe. Es decir, la  polémica en torno a la validez de las civilizaciones americanas no hizo sino impulsar la primera conciencia de particularidad en México (primer nacionalismo le han llamado algunos), adoptando el pasado azteca como propio, uniendo la evolución del país desde su prehistoria, su historia antigua y su pasado colonial. En este sentido fueron  fundamentales la obra del Padre Francisco Javier Clavigero , Historia Antigua de México, y la de los jesuitas expulsos como Rafael Campoy o Francisco Javier Alegre, quienes desde Europa rescataron su memoria sentimental de América.

Los ilustrados europeos que más influyeron en la elaboración de un concepto sobre el americano, y sobre el indio en particular, fueron Hume, Buffon, Robertson, De Pauw, Raynal. Humboldt emprenderá no obstante la labor de liberar a los americanos de todos los embustes que éstos difundieron.

El empirista Hume en su Essay of National Characters atribuye a los naturales de las regiones tropicales una indolencia debida a sus escasas necesidades. Buffon desarrolló una línea de pensamiento muy clara: comparando la naturaleza europea y americana, llega a la conclusión de que el Nuevo Mundo es un continente inmaduro, joven, demasiado húmedo, y sus hombres permanecían niños durante toda su vida. El holandés Cornelius de Pauw retoma esta teoría, y en una confusa mezcla de detalles absurdos y lascivos, describía a los nativos americanos como salvajes degenerados, bestias que odian las leyes de la sociedad y los frenos de la educación.  Ambos "intelectuales" influyeron en dos "historiadores de América": el Abate Raynal y William Robertson, quienes arguían un determinismo climático para justificar la inferioridad de ciertas razas. Sus obras pueden estudiarse juntas, al usar los mismos métodos y dirigirse a la confirmación y difusión de la inferioridad del Continente Americano en su totalidad: botánica, geografía, población. Raynal defendía (en su obra A Philosophic and Political History of the Settlements and Trade of the Europeans in the East and West Indies, la cual constaba de cinco volúmenes,) que los hombres eran menos fuertes, menos valerosos, debilmente dotados del sentimiento vivo y potente, fruto del clima americano que lleva a la total degeneración de las especies. Robertson esperaba hallar en el estudio del indio americano material para completar la historia de la mente humana. Descubrió que el hombre en América aparece bajo la forma más primitiva que pueda concebirse, un estado de simplicidad original que en Europa sólo existía en la imaginación de los poetas, pero que allá existía realmente. Los criollos no quedaban exentos de la influencia del clima sofocante, la cual había destruido el vigor de su mente, pasando la vida en satisfacciones lujuriosas mezcladas con la superstición degradante. Estas ideas se exponían en los tres volúmenes de The History of America, publicada en Londres en 1799.

En cuanto a los españoles peninsulares, Antonio de Ulloa, autor de las Noticias Americanas, concluía que salvaje o civilizado el indioera el mismo: infantil, tramposo, insensible y flojo, siendo la vida de esta gente semejante a la de los brutos. Poco después la Academia de la historia de España propuso la traducción de la obra de Robertson, y el historiador Juan Bautista Muñoz, también por encargo de la corona, escribió la Historia del Nuevo Mundo, resumiendo en ella las teorías de Robertson y de Pauw, negando una verdadera civilidad a los indios, especialmente a los aztecas.

Todas estas obras gozaron de gran difusión y credibilidad en Europa, si bien, como apuntábamos, tuvieron el efecto contrario de la refutación y de la crítica dentro de la misma Europa (por ejemplo gracias a Humboldt) y en el mismo México.

Muy influyente en Nueva España fue el historiador milanés Lorenzo Boturini Bernaducci, quien en su Idea de una nueva América Septentrional revisa la historia indígena y la relaciona con las tres edades del hombre; los aztecas, en la tercera edad, ocurrida hacia el 660, habían iniciado el primer imperio y habían empezado a guardar sus primeros registros históricos. esta interpretación eliminaba, afortunadamente, la intervención del demonio en la historia indígena, liberando a los intelectuales mexicanos de la obra de Torquemada.

Otros intelectuales que respondieron desde México a esta disputa del Nuevo Mundo fueron Juan José Eguiara y Eguren con su Biblioteca Mexicana; Mariano Fernández de Echeverría y Veytia, on la publicación de los Baluartes de México; y las obras de Francisco Javier de Gamboa, visitador general y jurista y de Antonio López Portillo.